Hola, acá van algunos programas, que son los que yo uso:
Inkscape: basado en vectores, bueno para ilustrar conceptos (no funciones exactas).
https://inkscape.org
Mathematica: bueno para plotear funciones.
http://www.wolfram.com/mathematica/
Estos programas son buenos pero requieren un tiempo de aprendizaje, porque son algo mas difíciles de usar, aunque una vez que entiendes como funcionan, no son tan difíciles.
Algunos mas fáciles son:
- OpenOffice Draw
- Smartdraw (similar al anterior)
Otro que he visto que se puede usar es Mayura
http://www.mayura.com/
Mayura es similar a Inkscape (basado en vectores, pero tiene mas features).